格蘭氏染色流程可概括為：染色-脫色-復(fù)染.
第一步初染劑（Primary Stain）：使用結(jié)晶紫染色.
第二步媒染劑（Mordant）：加入復(fù)方碘溶液或稱革蘭氏碘液（Gram's Iodine）后會(huì)形成不溶性的結(jié)晶紫-碘（CV-I）復(fù)合體.細(xì)菌呈紫黑色.第二步是關(guān)鍵,它的目的是分辨細(xì)菌的革蘭氏染色特性.若為革蘭氏陽性菌,此復(fù)合體系結(jié)合于細(xì)胞壁之鎂、核糖核酸組成（Magnesium Ribonucletic Acid）,形成鎂-核糖核酸-結(jié)晶紫-碘（Mg-RNA-CV-I）復(fù)合體,不易脫去.
第三步脫色劑（Decoloring Agent）：使用酒精（95%）脫色,試劑具脂溶劑（Lipid Solvent）和蛋白脫水劑（Protein Dehydrating Agent）之雙重功能.此步驟對革蘭氏陽性細(xì)菌無效,因?yàn)榧?xì)胞壁上厚厚的細(xì)胞壁層阻隔了結(jié)晶紫-碘復(fù)合體的外滲,只能留在細(xì)菌體內(nèi).革蘭氏陰性菌細(xì)胞壁層薄,會(huì)被脫色而成為無色.
第四步復(fù)染劑（Counterstain）：為了對比,在此之后會(huì)加入番紅（Safranin）進(jìn)行復(fù)染,革蘭氏陰性菌成紅色,而革蘭氏陽性菌仍保有原來的紫色.