①②同源染色體分離和非同源染色體自由組合不會(huì)使DNA分子結(jié)構(gòu)發(fā)生改變，①②錯(cuò)誤；
③DNA分子結(jié)構(gòu)發(fā)生改變是分子水平上發(fā)生的變化，基因突變是DNA分子結(jié)構(gòu)中堿基對(duì)的增添、缺失或改變導(dǎo)致，③正確；
④同源染色體上等位基因互換導(dǎo)致DNA分子的結(jié)構(gòu)發(fā)生了改變，④正確；
⑤染色體結(jié)構(gòu)變異有增添、缺失、倒位和易位四種情況，都有可能使基因的結(jié)構(gòu)或排列順序發(fā)生改變，⑤正確；
⑥染色體數(shù)目變異不會(huì)使DNA分子結(jié)構(gòu)發(fā)生改變，⑥錯(cuò)誤．
故選：C．