總體上分為顆粒狀有機(jī)物和溶解性有機(jī)物,顆粒狀有機(jī)物在普通顯微鏡下可以觀察到,它包括有生命的有機(jī)體（浮游動(dòng)植物、細(xì)菌菌團(tuán)等）和無生命的有機(jī)物顆粒,后者在水中可逐漸沉降.溶解性有機(jī)物包括真溶液狀態(tài)和膠體狀態(tài)兩種,又可分為類脂物質(zhì)、氨基酸、烴類、碳水化合物、維生素及腐殖質(zhì)等.主要的有機(jī)物有以下幾種：（1）碳水化合物 天然水體中的碳水化合物包括各種單糖和復(fù)雜的多糖類,海水中碳水化合物的總濃度為200-600ug*L-1.天然水中碳水化合物主要來源于浮游植物的光合作用,它是許多微生物和水生生物的營養(yǎng)物,易被分解,其水解產(chǎn)物為五碳糖和六碳糖；（2）腐殖質(zhì) 在天然水域和土壤中,尤其是泥碳和腐泥中,廣泛存在著分子組成復(fù)雜、性質(zhì)較為穩(wěn)定、而化學(xué)成分不十分確定的一類有機(jī)化合物,通常稱為腐殖質(zhì),顯然是多種物質(zhì)的綜合體,它們中大部分的成分和結(jié)構(gòu)至今尚不十分清楚,有些研究者認(rèn)為,由于成因不同海水和淡水中腐殖質(zhì)有所差異.但是這類物質(zhì)基本均是動(dòng)植物尸體經(jīng)過一系列物理、化學(xué)和生物過程形成的.腐殖質(zhì)通常可以看作是低聚物（相對分子質(zhì)量為300-30000）,含有酚羥基和羥基,有較低數(shù)量的脂族羥基.根據(jù)其在堿x性和酸性溶液中的溶解度,腐殖質(zhì)通常劃分為以下三種：①腐殖酸,在堿性溶液中溶解,但酸化后即沉淀；②富里酸,這是腐殖質(zhì)中在酸化水溶液中存在的部分,也是在整個(gè)pH范圍內(nèi)都溶解的部分；③腐黑物,以酸或堿都不能提取的部分.這三種腐殖質(zhì)結(jié)構(gòu)相似,但相對分子質(zhì)量和官能團(tuán)含量不同,富里酸相對分子質(zhì)量可能低于腐殖酸和腐黑物,但親水基團(tuán)較多.Schnitzer根據(jù)分級分離和降解研究指出,富里酸是由酚和苯羧酸以氫鍵結(jié)合而成,形成聚合物結(jié)構(gòu),具有相當(dāng)?shù)姆€(wěn)定性.子對河水中腐殖酸鹽的凝聚作用有關(guān).
（3）類脂化合物 類脂化合物是能被非極性或弱極性有機(jī)溶劑萃取的組分,如長鏈脂肪酸、脂肪酸酯或蠟酯、長鏈醇、磷脂、甾族化合物等,萃取時(shí),雖然烴類可同時(shí)被萃取,但習(xí)慣上將它們另歸一類.
（4）含氮有機(jī)物 水體中含氮有機(jī)物主要是氨基酸和多肽,氨基酸是蛋白質(zhì)的基本組成單元,其主要來源于浮游生物的代謝和分解產(chǎn)物,它能為異養(yǎng)微生物提供有機(jī)物質(zhì)和能源,通常存在于淡水、海水中的是低分子量的氨基酸（如甘氨酸,丙氨酸和絲氨酸等）,總氨基酸含量一般為10-100ug/L.此外水體中存在的含氮化合物還有尿素、嘌
呤和尿嘧啶等,它們也是水生生物的降解產(chǎn)物.
（5）烴類 烴類能與類脂物同時(shí)被有機(jī)溶劑萃取,在環(huán)境污染的監(jiān)測中,水體中烴類有其特殊的重要性.石油烴類的存在與人類活動(dòng)有關(guān),進(jìn)入水體中的石油可導(dǎo)致水體缺氧,從而造成對生物的威脅,而鹵代烴類農(nóng)藥和多氯聯(lián)苯是人工合成物,而自然界中又不存在分解這些化合物的酶類,因此它們在水體中滯留時(shí)間很長,不易被分解,具有很高的生物毒性.
（6）維生素 在天然水體中已檢出的維生素有硫胺素（維生素B1）、鈷胺素（維生素B12）和生物素（維生素H）,它們在水體中的含量極微,但與生物生長關(guān)系十分密切.（7）其它化合物 除了上述幾種主要化合物外,在水體中已檢出的還有丙酮、丁酮、甲乙酮、丁醛、糠醛、核酸、甲烷、乙烷、丙烷、乙酸乙酯和某些刺激素和生長抑制劑等有機(jī)化合物.