DNA測序（DNA sequencing,或譯DNA定序）是指分析特定DNA片段的堿基序列,也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）與鳥嘌呤的（G）排列方式.RNA測序則通常將RNA提取后,反轉(zhuǎn)錄為DNA后使用DNA測序的方法進行測序.目前應(yīng)用最廣泛的是由Frederick Sanger發(fā)明的Sanger雙脫氧鏈終止法（Chain Termination Method）.新的測序方法,例如454生物科學的方法和焦磷酸測序法.
Sanger測序法Sanger（桑格）雙脫氧鏈終止法是Frederick Sanger于1975年發(fā)明的.測序過程需要先做一個聚合酶連鎖反應(yīng)（PCR）.PCR過程中,雙脫氧核糖核酸可能隨機的被加入到正在合成中的DNA片段里.由于雙脫氧核糖核酸多脫了一個氧原子,一旦它被加入到DNA鏈上,這個DNA鏈就不能繼續(xù)增加長度.最終的結(jié)果是獲得所有可能獲得的、不同長度的DNA片段.目前最普遍最先進的方法,是將雙脫氧核糖核酸進行不同熒光標記.將PCR反應(yīng)獲得的總DNA通過毛細管電泳分離,跑到最末端的DNA就可以在激光的作用下發(fā)出熒光.由于ddATP,ddGTP,ddCTP,ddTTP（4種雙脫氧核糖核酸）熒光標記不同,計算機可以自動根據(jù)顏色判斷該位置上堿基究竟是A,T,G,C中的哪一個[2].
454生物科學和焦磷酸測序法454測序法由454生物科學發(fā)明,是一個類似焦磷酸測序法的新方法.2003年向GenBank提交了一個腺病毒全序列[3],使得他們的技術(shù)成為Sanger測序法后第一個被用來測生物基因組全序列的新方法.454使用類似于焦磷酸測序的方法,有著相當高的讀取速度,大約為5小時可以測兩千萬堿基對[4].