PCR反應的緩沖液的目的是給Taq DNA聚合酶提供一個最適酶催反應條件.目前最為常用的緩沖體系為10-50mmol/L Tris-HCl (pH8.3-8.8,20℃) Tris是一種雙極性離子緩沖液,20℃時其pKa值為8.3,△pKa值為-0.021/℃.因此,20mmol/l Tris-HCl(pH8.3,20℃)在實際PCR中,pH變化于6.8-7.8之間.改變反應液的緩沖能力,如將Tris濃度加大到50mmol/L,pH8.9,有時會增加產(chǎn)量.
反應混合液中50mmol/L以內(nèi)的KCl,pH8.9有利于引物的退火,50mmol/l NaCl或50 mmol/L以上的KCl則抑制Taq DNA聚合酶的活性.有些反應液中以NH+4代K+,其濃度為16.6mmol/L.反應中加入小牛血清白蛋白（100μg/ml）或明膠（0.01%）或Tween 20（0.05% ～0.1%）有助于酶的穩(wěn)定,反應中加入5mmol/l 的二硫蘇糖醇（DTT）也有類似作用,尤其在擴增長片段（此時延伸時間長）時,加入這些酶保護劑對PCR反應是有利的.