原理不同的測定方法 測定結(jié)果都是不同的.其實沒有哪種方法是金標準（除過氨基酸測序后.）,不同方法互為補充而已.結(jié)果不對應(yīng)是正常的.
PG-PAGE 測定結(jié)果相對更為準確,可作為補充.
帶有較大輔基的蛋白質(zhì)(如糖戶血紅蛋白)及一些結(jié)構(gòu)異常的蛋白等測出的Mr不太可靠.
如糖蛋白和某些酶(如葡萄糖氧化酶、木瓜蛋白酶以及胃蛋白酶等)與SDS的親和力較低,測到的分子量偏低；
組蛋白F1,本身帶有大量正電荷：雖然結(jié)合了正常量的SDS,仍不能完全掩蓋其原有正電荷,結(jié)果使運動速度減慢.故用SDS-PAGE測得的Mr要大.
而含二硫鍵多的蛋白質(zhì),二硫鍵被打開后,致使Stokes半徑增加,遷移率減慢；因此,一般測出的分子量是偏高的.