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  • 請問在ncbi上blast的時候,需要去除pcr擴(kuò)增引物序列嗎?

    請問在ncbi上blast的時候,需要去除pcr擴(kuò)增引物序列嗎?
    如題,在blast的時候是否要保留當(dāng)時做dna擴(kuò)增時的pcr引物序列.……以前做的一個系列是通過提取重組質(zhì)粒測序,不去引物的,但是現(xiàn)在做的內(nèi)容是用pcr產(chǎn)物直接測序,所以結(jié)果里沒有pcr擴(kuò)增引物,這樣該如何處理?
    其他人氣:457 ℃時間:2020-06-10 04:59:00
    優(yōu)質(zhì)解答
    什么跟什么 說的太不清楚餓了 只要你需要的那段序列是對的不就行了嘛 跟引物序列有啥關(guān)系 畢竟大部分的PCR引物設(shè)計都是在需要的序列兩端隔一段距離 而且如果你測序是拿PCR引物測的話 那前面的幾十個堿基都是測不準(zhǔn)的就是,原來做的樣品,在比對的時候是保留引物的(引物是實驗室根據(jù)genbank上的序列自行設(shè)計的),而現(xiàn)在做的樣品,在ncbi上查到的一些序列也是帶有pcr引物的(通用引物),一些則不帶,而我們是用pcr直接測序,這樣的結(jié)果是不帶引物的,去除頭尾的堿基后再去比對,這樣子得到的結(jié)果是可以的嗎?謝謝不好意思我還不是很明白不過我的意思是帶不帶引物都不會影響你比對的結(jié)果對吧只要引物中間的部分序列是正確的有沒有引物那部分序列都可以比對正確
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