染色體免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation,ChIP）是基于體內(nèi)分析發(fā)展起來(lái)的方法,也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法,在過(guò)去十年已經(jīng)成為表觀遺傳信息研究的主要方法.這項(xiàng)技術(shù)幫助研究者判斷在細(xì)胞核中基因組的某一特定位置會(huì)出現(xiàn)何種組蛋白修飾.ChIP不僅可以檢測(cè)體內(nèi)反式因子與DNA的動(dòng)態(tài)作用,還可以用來(lái)研究組蛋白的各種共價(jià)修飾與基因表達(dá)的關(guān)系.近年來(lái),這種技術(shù)得到不斷的發(fā)展和完善.采用結(jié)合微陣列技術(shù)在染色體基因表達(dá)調(diào)控區(qū)域檢查染色體活性,是深入分析癌癥、心血管疾病以及中央神經(jīng)系統(tǒng)紊亂等疾病的主要代謝通路的一種非常有效的工具.
它的原理是在保持組蛋白和DNA聯(lián)合的同時(shí),通過(guò)運(yùn)用對(duì)應(yīng)于一個(gè)特定組蛋白標(biāo)記的生物抗體,染色質(zhì)被切成很小的片斷,并沉淀下來(lái).IP是利用抗原蛋白質(zhì)和抗體的特異性結(jié)合以及細(xì)菌蛋白質(zhì)的“prorein A”特異性地結(jié)合到免疫球蛋白的FC片段的現(xiàn)象活用開發(fā)出來(lái)的方法.目前多用精制的prorein A預(yù)先結(jié)合固化在argarose的beads上,使之與含有抗原的溶液及抗體反應(yīng)后,beads上的prorein A就能吸附抗原達(dá)到精制的目的.實(shí)驗(yàn)最需要注意點(diǎn)就是抗體的性質(zhì).抗體不同和抗原結(jié)合能力也不同,免染能結(jié)合未必能用在IP反應(yīng).建議仔細(xì)檢查抗體的說(shuō)明書.特別是多抗的特異性是問(wèn)題.其次,要注意溶解抗原的緩沖液的性質(zhì).多數(shù)的抗原是細(xì)胞構(gòu)成的蛋白,特別是骨架蛋白,緩沖液必須要使其溶解.為此,必須使用含有強(qiáng)界面活性劑的緩沖液,盡管它有可能影響一部分抗原抗體的結(jié)合.另一面,如用弱界面活性劑溶解細(xì)胞,就不能充分溶解細(xì)胞蛋白.即便溶解也產(chǎn)生與其它的蛋白結(jié)合的結(jié)果,抗原決定族被封閉,影響與抗體的結(jié)合,即使IP成功,也是很多蛋白與抗體共沉的悲慘結(jié)果.再次,為防止蛋白的分解,修飾,溶解抗原的緩沖液必須加蛋白每抑制劑,低溫下進(jìn)行實(shí)驗(yàn).每次實(shí)驗(yàn)之前,首先考慮抗體/緩沖液的比例.抗體過(guò)少就不能檢出抗原,過(guò)多則就不能沉降在beads上,殘存在上清.緩沖劑太少則不能溶解抗原,過(guò)多則抗原被稀釋.