首先你得知道到哪里去找那個(gè)未知的蛋白（比如是哪個(gè)生物,哪種細(xì)胞內(nèi)）；
然后可以做CoIP（中文可能是什么共沉淀）,用針對(duì)那個(gè)已知蛋白的抗體去從細(xì)胞裂解液中抓出未知的蛋白；或者,把已知蛋白聯(lián)到beads上,也可以抓出未知蛋白,這叫pull-down assay；
至于驗(yàn)證蛋白間的作用么,細(xì)胞內(nèi)(in vivo）可以用FRET,或in situ PLA；細(xì)胞外（in vitro)么還是用pull-down,要用一定濃度的鹽去洗,要不然可能是非特異性結(jié)合的.
你指的間接作用是指有別的蛋白做中間人?那就看你抓出來(lái)多少東西了~