線粒體呼吸鏈酶一共有5個,他們分別是NADH（也稱為復合物I）、琥珀酸氧化還原酶（也稱為復合物II）、細胞色素C氧化還原酶（復合物III）、細胞色素C還原酶（也稱為復合物IV）和ATP合成酶（也稱為復合物V）.
在生物細胞中,接受代謝物上脫下的氫(或電子)的載體有三種—— NAD+、NADP+ 和FAD.
　　其中NADPH不進入呼吸鏈合成ATP,而是作為生物合成的還原劑；只有NADH和FADH2進入呼吸鏈.
　　由于線粒體中需要經呼吸鏈氧化和電子傳遞的主要是NADH,而FADH2較少,可將呼吸鏈分為主、次呼吸鏈.
　　主呼吸鏈（NADH呼吸鏈）——由NADH開始的呼吸鏈
　　由復合物Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ構成,從NADH來的電子依次經過這三個復合物,進行傳遞.
　　次呼吸（FADH2呼吸鏈）——由FADH2開始的呼吸鏈
　　由復合物Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ構成,來自FADH2的電子不經過復合物Ⅰ.