提取細(xì)菌基因組時能劇烈震蕩么
提取細(xì)菌基因組時能劇烈震蕩么
我最近用試劑盒提取細(xì)菌基因組,用的是gene star 試劑盒,加完裂解液后保溫5min,然后說明書上寫著加入氯仿震蕩,然后離心上清液掛柱.提取了兩次,結(jié)果提出來的基因組都有三條帶,分別在10000以上,2000bp左右有兩條帶.我提取的是兩種不同的細(xì)菌的基因組,情況相同.現(xiàn)在我搞不清楚是因為劇烈震蕩基因組斷裂了還是細(xì)菌里有質(zhì)粒存在.而且我用超微量檢測基因組濃度時發(fā)現(xiàn)在A260-A280無吸收峰,但是能測出濃度是100ng/ul .誰知道這是怎么回事啊
我最近用試劑盒提取細(xì)菌基因組,用的是gene star 試劑盒,加完裂解液后保溫5min,然后說明書上寫著加入氯仿震蕩,然后離心上清液掛柱.提取了兩次,結(jié)果提出來的基因組都有三條帶,分別在10000以上,2000bp左右有兩條帶.我提取的是兩種不同的細(xì)菌的基因組,情況相同.現(xiàn)在我搞不清楚是因為劇烈震蕩基因組斷裂了還是細(xì)菌里有質(zhì)粒存在.而且我用超微量檢測基因組濃度時發(fā)現(xiàn)在A260-A280無吸收峰,但是能測出濃度是100ng/ul .誰知道這是怎么回事啊
生物人氣：780 ℃時間：2020-05-13 18:54:36
優(yōu)質(zhì)解答
從原理上說,加完裂解液是可以劇烈震蕩的,為的是徹底裂解細(xì)胞.取上清之后進(jìn)入酚/氯仿/異戊醇抽提,就要小心輕柔了,因為此時對象是DNA,操作猛烈會打斷的.你的三條帶有可能從大到小依次是基因組、質(zhì)粒開環(huán)、質(zhì)粒超螺旋.你提的是什么菌株,怎樣的來源,遺傳背景清楚嗎?至于紫外檢測A260-A280無吸收峰但能測出濃度的情況,我也遇到過,有時候是樣品濃度過高不在可測量范圍內(nèi),需要進(jìn)行適當(dāng)稀釋再測；有時候是樣品中雜質(zhì)太多（注意下其他波長有沒有吸收峰?）干擾了DNA檢測；有時候是儀器本身出問題了,要進(jìn)行調(diào)試和整修.另,建議不要用試劑盒配的elution溶解最終的基因組DNA,用滅菌的雙蒸水比較好,便于紫外檢測.
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