蛋白酶從動物、植物和微生物中都可以提取得到,也是食品工業(yè)中重要的一類酶.生物體內(nèi)蛋白酶種類很多,以來源分類,可將其分為動物蛋白酶、植物蛋白酶和微生物蛋白酶三大類.根據(jù)它們的作用方式,可分為內(nèi)肽酶和外肽酶兩大類.還可根據(jù)最適pH的不同,分為酸性蛋白酶、堿性蛋白酶和中性蛋白酶.也有根據(jù)其活性中心的化學性質(zhì)不同,分為絲氨酸蛋白酶（酶活性中心含有絲氨酸殘基）、巰基蛋白酶（酶活性中心含有巰基）、金屬蛋白酶（酶活性中心含金屬離子）和酸性蛋白酶（酶活性中心含羧基）.
（一）動物蛋白酶
在人和哺乳動物的消化道中存在有各種蛋白酶.如胃黏膜細胞分泌的胃蛋白酶,可將各種水溶性蛋白質(zhì)分解成多肽；胰腺分泌的胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、彈性蛋白酶和羧肽酶等內(nèi)肽酶和外肽酶,可將多肽鏈水解成寡肽和氨基酸；小腸黏膜能分泌氨肽酶、羧肽酶和二肽酶等,將小分子肽分解成氨基酸.人體攝取的蛋白質(zhì)就是在消化道中這些酶的綜合作用下被消化吸收的.胃蛋白酶、胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶等先都分別以無活性前體的酶原形式存在,在消化道需經(jīng)激活后才具有活性.
在動物組織細胞的溶酶體中有組織蛋白酶,最適pH為5.5左右.當動物死亡之后,隨組織的破壞和pH的降低,組織蛋白酶被激活,可將肌肉蛋白質(zhì)水解成游離氨基酸,使肌肉產(chǎn)生優(yōu)良的肉香風味.但從活細胞中提取和分離組織蛋白酶很困難,限制了它的應用.
在哺乳期小牛的第四胃中還存在一種凝乳酶,是由凝乳酶原激活而成,pH 5時可由已有活性的凝乳酶催化而激活,在pH 2時主要由H＋（胃酸）激活.隨小牛長大,由攝取母乳改變成青草和谷物時,凝乳酶逐漸減少,而胃蛋白酶增加.凝乳酶也是內(nèi)肽酶,能使牛奶中的酪蛋白凝聚,形成凝乳,用來制作奶酪等.
動物蛋白酶由于來源少,價格昂貴,所以在食品工業(yè)中的應用不甚廣泛.胰蛋白酶主要應用于醫(yī)藥上.
（二）植物蛋白酶
蛋白酶在植物中存在比較廣泛.最主要的3種植物蛋白酶,即木瓜蛋白酶、無花果蛋白酶和菠蘿蛋白酶已被大量應用于食品工業(yè).這3種酶都屬巰基蛋白酶,也都為內(nèi)肽酶,對底物的特異性都較寬.
木瓜蛋白酶是番木瓜膠乳中的一種蛋白酶,在pH 5時穩(wěn)定性最好,低于pH 3和高于pH 11時,酶會很快失活.該酶的最適pH雖因底物不同而有不同,但一般在5～7之間.與其他蛋白酶相比,其熱穩(wěn)定性較高.
無花果蛋白酶存在于無花果膠乳中,新鮮的無花果中含量可高達1%左右.無花果蛋白酶在pH 8時最穩(wěn)定,但最適pH在很大程度上取決于底物.若以酪蛋白為底物,活力曲線在pH 6.7和9.5兩處有峰值；以彈性蛋白為底物時,最適pH為5.5；而對于明膠,最適pH則為7.5.
菠蘿汁中含有很強的菠蘿蛋白酶,從果汁或粉碎的莖中都可提取得到,其最適pH值范圍在6～8.
以上3種植物蛋白酶在食品工業(yè)上常用于肉的嫩化和啤酒的澄清.特別是木瓜蛋白酶的應用,很久以前民間就有用木瓜葉包肉,使肉更鮮嫩、更香的經(jīng)驗.現(xiàn)在這些植物蛋白酶除用于食品工業(yè)外,還用于醫(yī)藥上作助消化劑.
（三）微生物蛋白酶
細菌、酵母菌、霉菌等微生物中都含有多種蛋白酶,是生產(chǎn)蛋白酶制劑的重要來源.生產(chǎn)用于食品和藥物的微生物蛋白酶的菌種主要是枯草桿菌、黑曲霉、米曲霉三種.
隨著酶科學和食品科學研究的深入發(fā)展,微生物蛋白酶在食品工業(yè)中的用途將越來越廣泛.在肉類的嫩化,尤其是牛肉的嫩化上應用微生物蛋白酶代替價格較貴的木瓜蛋白酶,可達到更好的效果.微生物蛋白酶還被運用于啤酒制造以節(jié)約麥芽用量.但啤酒的澄清仍以木瓜蛋白酶較好,因為它有很高的耐熱性,經(jīng)巴氏殺菌后,酶活力仍還存在,可以繼續(xù)作用于殺菌后形成的沉淀物,以保證啤酒的澄清.在醬油的釀制中添加微生物蛋白酶,既能提高產(chǎn)量,又可改善質(zhì)量.除此之外,還常用微生物蛋白酶制造水解蛋白胨用于醫(yī)藥,以及制造蛋白胨、酵母浸膏、牛肉膏等.細菌性蛋白酶還常用于日化工業(yè),添加到洗滌劑中,以增強去污效果,這種加酶洗滌劑對去除衣物上的奶斑、血斑等蛋白質(zhì)類污跡的效果很好.