根據(jù)側(cè)鏈R的極性不同分為非極性和極性氨基酸
氨基酸的R基團(tuán)不帶電荷或極性極微弱的屬于非極性中性氨基酸,如：甘氨酸、丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、脯氨酸.它們的R基團(tuán)具有疏水性.
氨基酸的R基團(tuán)帶電荷或有極性的屬于極性氨基酸,它們又可分為：
（1）極性中性氨基酸：R基團(tuán)有極性,但不解離,或僅極弱地解離,它們的R基團(tuán)有親水性.如：絲氨酸、蘇氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、谷氨酰胺、天門冬酰胺.
（2）酸性氨基酸：R基團(tuán)有極性,且解離,在中性溶液中顯酸性,親水性強(qiáng).如天門冬氨酸、谷氨酸.
（3）堿性氨基酸：R基團(tuán)有極性,且解離,在中性溶液中顯堿性,親水性強(qiáng).如組氨酸、賴氨酸、精氨酸.
這20種氨基酸都有各自的遺傳密碼,它們是生物合成蛋白質(zhì)的構(gòu)件,無種屬差異.在體內(nèi),一些特殊蛋白質(zhì)分子中還含有其它氨基酸,如甲狀腺球蛋白中碘代酪氨酸,膠原蛋白中的羥脯氨酸及羥賴氨酸,某些蛋白質(zhì)分子中的胱氨酸等,它們都是在蛋白質(zhì)生物合成之后（或合成過程中）,相應(yīng)的氨基酸殘基被修飾形成的.還有的是在物質(zhì)代謝過程中產(chǎn)生,如鳥氨酸（由精氨酸轉(zhuǎn)變來的等,這些氨基酸在生物體內(nèi)都沒有相應(yīng)的遺傳密碼.