藤野嚴(yán)九郎生于日本福井縣,世代為醫(yī).藤野嚴(yán)九郎是藤野家第六代醫(yī)生.他生于1874年7月1日,9歲時父親亡故,由大哥二哥撫養(yǎng).嚴(yán)九郎排行老三.他在讀小學(xué)時,同時跟酒井藩校教師野坂先生學(xué)習(xí)過漢學(xué).1892年4月,從福井學(xué)校中途退學(xué),進入愛知醫(yī)學(xué)校,1896年10月畢業(yè),留校作解剖學(xué)教師奈良坂的助手.1897年5月得到醫(yī)生開業(yè)證明書.同年7月后,在東京帝國大學(xué)醫(yī)學(xué)院學(xué)習(xí)解剖學(xué)一年.1901年10月,藤野應(yīng)聘到仙臺醫(yī)專任解剖學(xué)講師,其時藤野剛剛滿27歲.他和敷波重次郎教授擔(dān)任一年級的解剖學(xué)理論,他還擔(dān)任二年級的解剖實習(xí)和局部解剖學(xué).一年級的專業(yè)課只有解剖學(xué),一年級的正副班主任大體上照例由敷波和藤野擔(dān)任.班主任管理的范圍很廣,據(jù)當(dāng)時仙臺醫(yī)專規(guī)定,諸如學(xué)生的學(xué)習(xí)態(tài)度、學(xué)生的管理教導(dǎo)、出席情況、考試成績的統(tǒng)計以及教室的整理和保管,都由正副班主任負責(zé).
1904年7月6日,即大約魯迅到仙臺前兩個月,藤野由講師升為教授.
藤野生活樸素,當(dāng)時教授上課,來回都坐人力車,而藤野則是步行.他住在空堀町,離仙臺醫(yī)專有步行三五分鐘的距離.魯迅離開仙臺前曾到他家去過,他送給魯迅一張照片,背面寫上,“惜別 藤野 謹(jǐn)呈周君”.魯迅為了安慰藤野,曾故意說：“我想去學(xué)生物學(xué),先生教給我的學(xué)問,也還是有用的.”據(jù)說后來藤野跟侄子藤野恒三郎說過：“周君是個好學(xué)生……但不是當(dāng)醫(yī)生的人.看來是為研究生物學(xué)和解剖學(xué)的.”恒三郎說,看藤野先生的口氣,他是相信了魯迅分別時為安慰他而說的想學(xué)生物學(xué)的話.
1911年,東北帝國大學(xué)成立,1912年仙臺醫(yī)專并入,成為東北帝大醫(yī)學(xué)部,所有校舍、教職員、學(xué)生原班未動.1915年決定成立東北帝國大學(xué)醫(yī)科大學(xué),藤野因?qū)W歷不夠,被迫于6月底提出“請求免職”,7月1日降為臨時講師,8月9日被解除講師職務(wù).
藤野因生活關(guān)系,認(rèn)為可以搞一搞耳鼻喉的工作,到東京三井公司的慈善醫(yī)院就業(yè).1919年回故鄉(xiāng)自立診所,1945年在福井逝世.
魯迅很重視藤野對他的關(guān)懷.1934年,日本巖波文庫中要出《魯迅全集》,譯者增田涉寫信給魯迅,征求選文意見,魯迅回信說：“請您全權(quán)處理好了.在我看來,非放進去不可的東西是沒有了.不過《藤野先生》一篇請您譯出加入.”1936年增田涉再次到上海,魯迅又向他打聽藤野的近況,當(dāng)增田涉說沒有下落時,魯迅慨嘆說：“藤野先生大概已經(jīng)去世了吧!”其實藤野先生還在世,而且還讀到了魯迅寫的《藤野先生》.1937年3月,《文學(xué)案內(nèi)》上發(fā)表了以《謹(jǐn)憶周樹人君》為題的藤野先生的談話錄.