蛋白質(zhì)分離純化的一般程序可分為以下幾個(gè)步驟：
（一）材料的預(yù)處理及細(xì)胞破碎
分離提純某一種蛋白質(zhì)時(shí),首先要把蛋白質(zhì)從組織或細(xì)胞中釋放出來(lái)并保持原來(lái)的天然狀態(tài),不喪失活性.所以要采用適當(dāng)?shù)姆椒▽⒔M織和細(xì)胞破碎.常用的破碎組織細(xì)胞的方法有：
1.機(jī)械破碎法
這種方法是利用機(jī)械力的剪切作用,使細(xì)胞破碎.常用設(shè)備有,高速組織搗碎機(jī)、勻漿器、研缽等.
2.滲透破碎法
這種方法是在低滲條件使細(xì)胞溶脹而破碎.
3.反復(fù)凍融法
生物組織經(jīng)凍結(jié)后,細(xì)胞內(nèi)液結(jié)冰膨脹而使細(xì)胞脹破.這種方法簡(jiǎn)單方便,但要注意那些對(duì)溫度變化敏感的蛋白質(zhì)不宜采用此法.
4.超聲波法
使用超聲波震蕩器使細(xì)胞膜上所受張力不均而使細(xì)胞破碎.
5.酶法
如用溶菌酶破壞微生物細(xì)胞等.
(二)蛋白質(zhì)的抽提
通常選擇適當(dāng)?shù)木彌_液溶劑把蛋白質(zhì)提取出來(lái).抽提所用緩沖液的pH、離子強(qiáng)度、組成成分等條件的選擇應(yīng)根據(jù)欲制備的蛋白質(zhì)的性質(zhì)而定.如膜蛋白的抽提,抽提緩沖液中一般要加入表面活性劑（十二烷基磺酸鈉、tritonX-100 等）,使膜結(jié)構(gòu)破壞,利于蛋白質(zhì)與膜分離.在抽提過(guò)程中,應(yīng)注意溫度,避免劇烈攪拌等,以防止蛋白質(zhì)的變性.
（三）蛋白質(zhì)粗制品的獲得
選用適當(dāng)?shù)姆椒▽⑺牡鞍踪|(zhì)與其它雜蛋白分離開(kāi)來(lái).比較方便的有效方法是根據(jù)蛋白質(zhì)溶解度的差異進(jìn)行的分離.常用的有下列幾種方法：
1.等電點(diǎn)沉淀法
不同蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)不同,可用等電點(diǎn)沉淀法使它們相互分離.
2.鹽析法
不同蛋白質(zhì)鹽析所需要的鹽飽和度不同,所以可通過(guò)調(diào)節(jié)鹽濃度將目的蛋白沉淀析出.被鹽析沉淀下來(lái)的蛋白質(zhì)仍保持其天然性質(zhì),并能再度溶解而不變性.
3.有機(jī)溶劑沉淀法
中性有機(jī)溶劑如乙醇、丙酮,它們的介電常數(shù)比水低.能使大多數(shù)球狀蛋白質(zhì)在水溶液中的溶解度降低,進(jìn)而從溶液中沉淀出來(lái),因此可用來(lái)沉淀蛋白質(zhì).此外,有機(jī)溶劑會(huì)破壞蛋白質(zhì)表面的水化層,促使蛋白質(zhì)分子變得不穩(wěn)定而析出.由于有機(jī)溶劑會(huì)使蛋白質(zhì)變性,使用該法時(shí),要注意在低溫下操作,選擇合適的有機(jī)溶劑濃度.
（四）樣品的進(jìn)一步分離純化
用等電點(diǎn)沉淀法、鹽析法所得到的蛋白質(zhì)一般含有其他蛋白質(zhì)雜質(zhì),須進(jìn)一步分離提純才能得到有一定純度的樣品.常用的純化方法有：凝膠過(guò)濾層析、離子交換纖維素層析、親和層析等等.
有時(shí)還需要這幾種方法聯(lián)合使用才能得到較高純度的蛋白質(zhì)樣品.