蛋白質(zhì)的分離純化方法很多,主要有：
（一）根據(jù)蛋白質(zhì)溶解度不同的分離方法
1、蛋白質(zhì)的鹽析
中性鹽對(duì)蛋白質(zhì)的溶解度有顯著影響,一般在低鹽濃度下隨著鹽濃度升高,蛋白質(zhì)的溶解度增加,此稱(chēng)鹽溶；當(dāng)鹽濃度繼續(xù)升高時(shí),蛋白質(zhì)的溶解度不同程度下降并先后析出,這種現(xiàn)象稱(chēng)鹽析,將大量鹽加到蛋白質(zhì)溶液中,高濃度的鹽離子（如硫酸銨的 SO4 和 NH4)有很強(qiáng)的水化力,可奪取蛋白質(zhì)分子的水化層,使之“失水”,于是蛋白質(zhì)膠粒凝結(jié)并沉淀析出.鹽析時(shí)若溶液 pH 在蛋白質(zhì)等電點(diǎn)則效果更好.由于各種蛋白質(zhì)分子顆粒大小、親水程度不同,故鹽析所需的鹽濃度也不一樣,因此調(diào)節(jié)混合蛋白質(zhì)溶液中的中性鹽濃度可使各種蛋白質(zhì)分段沉淀.
影響鹽析的因素有：（1）溫度：除對(duì)溫度敏感的蛋白質(zhì)在低溫（4 度）操作外,一般可在室溫中進(jìn)行.一般溫度低蛋白質(zhì)溶介度降低.但有的蛋白質(zhì)（如血紅蛋白、肌紅蛋白、清蛋白）在較高的溫度（25 度）比 0 度時(shí)溶解度低,更容易鹽析.（2）pH 值：大多數(shù)蛋白質(zhì)在等電點(diǎn)時(shí)在濃鹽溶液中的溶介度最低.（3）蛋白質(zhì)濃度：蛋白質(zhì)濃度高時(shí),欲分離的蛋白質(zhì)常常夾雜著其他蛋白質(zhì)地一起沉淀出來(lái)（共沉現(xiàn)象）.因此在鹽析前血清要加等量生理鹽水稀釋,使蛋白質(zhì)含量在 2.5-3.0%.蛋白質(zhì)鹽析常用的中性鹽,主要有硫酸銨、硫酸鎂、硫酸鈉、氯化鈉、磷酸鈉等.其中應(yīng)用最多的硫酸銨,它的優(yōu)點(diǎn)是溫度系數(shù)小而溶解度大（25 度時(shí)飽和溶液為 4.1M,即 767 克/升；0 度時(shí)飽和溶解度為 3.9M,即 676 克/升）,在這一溶解度范圍內(nèi),許多蛋白質(zhì)和酶都可以鹽析出來(lái)；另外硫酸銨分段鹽析效果也比其他鹽好,不易引起蛋白質(zhì)變性.硫酸銨溶液的 pH 常在 4.5-5.5 之間,當(dāng)用其他 pH 值進(jìn)行鹽析時(shí),需用硫酸或氨水調(diào)節(jié).蛋白質(zhì)在用鹽析沉淀分離后,需要將蛋白質(zhì)中的鹽除去,常用的辦法是透析,即把蛋白質(zhì)溶液裝入秀析袋內(nèi)（常
用的是玻璃紙）,用緩沖液進(jìn)行透析,并不斷的更換緩沖液,因透析所需時(shí)間較長(zhǎng),所以最好在低溫中進(jìn)行.此外也可用葡萄糖凝膠 G-25 或 G-50 過(guò)柱的辦法除鹽,所用的時(shí)間就比較短.
2、等電點(diǎn)沉淀法
蛋白質(zhì)在靜電狀態(tài)時(shí)顆粒之間的靜電斥力最小,因而溶解度也最小,各種蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)有差別,可利用調(diào)節(jié)溶液的 pH 達(dá)到某一蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)使之沉淀,但此法很少單獨(dú)使用,可與鹽析法結(jié)合用.
3、低溫有機(jī)溶劑沉淀法
用與水可混溶的有機(jī)溶劑,甲醇,乙醇或丙酮,可使多數(shù)蛋白質(zhì)溶解度降低并析出,此法分辨力比鹽析高,但蛋白質(zhì)較易變性,應(yīng)在低溫下進(jìn)行.
（二）根據(jù)蛋白質(zhì)分子大小的差別的分離方法
1、透析與超濾
透析法是利用半透膜將分子大小不同的蛋白質(zhì)分開(kāi).超濾法是利用高壓力或離心力,強(qiáng)使水和其他小的溶質(zhì)分子通過(guò)半透膜,而蛋白質(zhì)留在膜上,可選擇不同孔徑的瀘膜截留不同分子量的蛋白質(zhì).
2、凝膠過(guò)濾法
也稱(chēng)分子排阻層析或分子篩層析,這是根據(jù)分子大小分離蛋白質(zhì)混合物最有效的方法之一.柱中最常用的填充材料是葡萄糖凝膠（Sephadex ged）和瓊脂糖凝膠（agarose gel）.
（三）根據(jù)蛋白質(zhì)帶電性質(zhì)進(jìn)行分離
蛋白質(zhì)在不同 pH 環(huán)境中帶電性質(zhì)和電荷數(shù)量不同,可將其分開(kāi).
1、電泳法
各種蛋白質(zhì)在同一 pH 條件下,因分子量和電荷數(shù)量不同而在電場(chǎng)中的遷移率不同而得以分開(kāi).值得重視的是等電聚焦電泳,這是利用一種兩性電解質(zhì)作為載體,電泳時(shí)兩性電解質(zhì)形成一個(gè)由正極到負(fù)極逐漸增加的 pH 梯度,當(dāng)帶一定電荷的蛋白質(zhì)在其中泳動(dòng)時(shí),到達(dá)各自等電點(diǎn)的 pH 位置就停止,此法可用于分析和制備各種蛋白質(zhì).
2、離子交換層析法
離子交換劑有陽(yáng)離子交換劑（如：羧甲基纖維素；CM-纖維素）和陰離子交換劑（二乙氨基乙基纖維素；DEAE?FONT FACE="宋體" LANG="ZH-CN">纖維素）,當(dāng)被分離的蛋白質(zhì)溶液流經(jīng)離子交換層析柱時(shí),帶有與離子交換劑相反電荷的蛋白質(zhì)被吸附在離子交換劑上,隨后用改變 pH 或離子強(qiáng)度辦法將吸附的蛋白質(zhì)洗脫下來(lái).
（四）根據(jù)配體特異性的分離方法－親和色譜法
親和層析法（aflinity chromatography）是分離蛋白質(zhì)的一種極為有效的方法,它經(jīng)常只需經(jīng)過(guò)一步處理即可使某種待提純的蛋白質(zhì)從很復(fù)雜的蛋白質(zhì)混合物中分離出來(lái),而且純度很高.這種方法是根據(jù)某些蛋白質(zhì)與另一種稱(chēng)為配體(Ligand）的分子能特異而非共價(jià)地結(jié)合.其基本原理：蛋白質(zhì)在組織或細(xì)胞中是以復(fù)雜的混合物形式存在,每種類(lèi)型的細(xì)胞都含有上千種不同的蛋白質(zhì),因此蛋白質(zhì)的分離（Separation）,提純（Purification）和鑒定（Characterization）是生物化學(xué)中的重要的一部分,至今還沒(méi)的單獨(dú)或一套現(xiàn)成的方法能移把任何一種蛋白質(zhì)
從復(fù)雜的混合蛋白質(zhì)中提取出來(lái),因此往往采取幾種方法聯(lián)合使用.