革蘭陽性細菌的肽聚糖層較厚,經(jīng)乙醇處理后使之發(fā)生脫水作用而使孔徑縮小,結(jié)晶紫與碘的復(fù)合物保留在細胞內(nèi)而不被脫色；而革蘭陰性細菌的肽聚糖層很薄,脂肪含量高,經(jīng)乙醇處理后部份細胞壁可能被溶解并改變其組織狀態(tài),細胞壁孔徑大,不能阻止溶劑透入,因而將結(jié)晶紫與碘的復(fù)合物洗去而被脫色.雖然如此,革蘭染色的差異并不能完全認為是化學(xué)的差別,也因物理結(jié)構(gòu)不同結(jié)果不同,例如酵母菌細胞壁的成份完全和細菌不同,但具有革蘭染色陽性反應(yīng).