細(xì)菌可以按照不同的方式分類.細(xì)菌具有不同的形狀.大部分細(xì)菌是如下三類：桿菌是棒狀；球菌是球形（例如鏈球菌或葡萄球菌）；螺旋菌是螺旋形.另一類,弧菌,是逗號形.
細(xì)菌的結(jié)構(gòu)十分簡單,原核生物,沒有膜結(jié)構(gòu)的細(xì)胞器例如線粒體和葉綠體,但是有細(xì)胞壁.根據(jù)細(xì)胞壁的組成成分,細(xì)菌分為革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌.“革蘭氏”來源于丹麥細(xì)菌學(xué)家革蘭(Hans Christian Gram),他發(fā)明了革蘭氏染色.
有些細(xì)菌細(xì)胞壁外有多糖形成的莢膜,形成了一層遮蓋物或包膜.莢膜可以幫助細(xì)菌在干旱季節(jié)處于休眠狀態(tài),并能儲存食物和處理廢物.