DNA電泳一般使用的都是瓊脂糖凝膠電泳,電泳的驅(qū)動(dòng)力靠DNA骨架本身的負(fù)電荷.
蛋白質(zhì)電泳（一般指SDS-PAGE）一般使用的都是聚丙烯酰胺凝膠電泳,電泳的驅(qū)動(dòng)力靠與蛋白質(zhì)結(jié)合的SDS上所攜帶的負(fù)電荷.
所以相同點(diǎn)就是樣品都是帶負(fù)電荷的,從負(fù)極向正極移動(dòng),移動(dòng)的距離都和樣品的分子量有關(guān).而且這兩個(gè)電泳體系可以互相交換使用.進(jìn)行大分子蛋白質(zhì)電泳時(shí),可以考慮換用瓊脂糖凝膠,因?yàn)樵擉w系孔徑大.相反,如果需要精確到各位數(shù)堿基的DNA電泳也可以使用聚丙烯酰胺凝膠系統(tǒng),因?yàn)槭褂迷撓到y(tǒng)可以將相差一個(gè)堿基的兩條DNA鏈分開(kāi).
不同點(diǎn)首先是樣品不同.這個(gè)就不用多說(shuō)了.其次是結(jié)果的觀察方法不同.DNA電泳普遍使用EB做染料,在紫外燈下觀察；而蛋白電泳使用的考馬斯亮藍(lán)染色,還需要經(jīng)過(guò)脫色步驟,不過(guò)觀察起來(lái)比較簡(jiǎn)單.還有就是膠體系的差別,DNA電泳通常是一膠跑到底,而蛋白質(zhì)電泳則會(huì)有分離膠和濃縮膠之區(qū)別.
先說(shuō)這么多,有不明白的你再問(wèn)好了～
回答補(bǔ)充：
電泳中樣品移動(dòng)的本質(zhì)確實(shí)是樣品所攜帶的電荷.但是,區(qū)分這些條帶直接可以用分子量而無(wú)需使用電荷數(shù),是因?yàn)檫@些樣品的電荷/分子量比都是恒定的了.以DNA分子為例,它在電泳中的移動(dòng)是靠其骨架中磷酸所攜帶的負(fù)電荷來(lái)實(shí)現(xiàn)的,而這個(gè)磷酸分子又是每一個(gè)核苷酸中都有的,所以DNA分子所攜帶的負(fù)電荷數(shù)是由其核苷酸總數(shù)決定的.而且,DNA分子中核苷酸的組成動(dòng)輒成百上千,在如此大的分子量面前,討論單個(gè)核苷酸之間分子量的差別就顯得毫無(wú)意義.這樣,DNA分子中負(fù)電荷的量就可以用DNA的分子量來(lái)代替,反過(guò)來(lái),DNA的分子量也就可以用DNA分子所攜帶的電荷來(lái)代替（一句話,DNA分子的電荷/分子量比是恒定的）.
這在蛋白電泳中（特別是SDS-PAGE中）是一樣的.在SDS-PAGE中,SDS將蛋白質(zhì)變性成直線分子并緊密包裹于其上,使得其所攜帶的電荷與蛋白分子量成了一定的比例,剩下的就和核酸電泳一樣了.
至于為什么核酸的橫著跑,蛋白豎著跑,個(gè)人認(rèn)為最大的問(wèn)題是蛋白制膠的過(guò)程導(dǎo)致的.蛋白制膠由于使用了兩種不同的凝膠系統(tǒng),所以需要一個(gè)水平的分界面.這個(gè)分界面在配膠的過(guò)程中是依靠異丙醇在重力作用下的壓力下形成的.所以,一并就豎著跑了～