有弱作用力,包括疏水作用,范德華作用力,氫鍵和荷電基團相互作用,還有就是共價鍵作用,就是肽鍵和二硫鍵及部分金屬鍵.一級結(jié)構(gòu)主要是肽鍵連接的氨基酸序列,二級結(jié)構(gòu)除了肽鍵還有以氫鍵為主的弱作用力,他的螺旋由氫鍵維持,三級結(jié)構(gòu)則主要靠疏水作用力維持,還可能有二硫鍵的,如胰島素（尚有爭議,有人認為是四級結(jié)構(gòu)）,四級結(jié)構(gòu)也主要由疏水作用力將亞基聚合在一起,以上所有結(jié)構(gòu)中的作用力,肽鍵自然是必須的,但弱作用力也都涉及到,只是有主次之分.
至于上面提到的金屬鍵則肯能出現(xiàn)在三級結(jié)構(gòu)中,因為殘基數(shù)量較少,蛋白質(zhì)不能穩(wěn)定存在,可有部分金屬離子來作為配體使他穩(wěn)定,如ferredoxin