酶的活性中心（active center）只是酶分子中的很小部分,酶蛋白的大部分氨基酸殘基并不與底物接觸.組成酶活性中心的氨基酸殘基的側(cè)鏈存在不同的功能基團(tuán),如-NH2、-COOH、-SH、-OH和咪唑基等,它們來自酶分子多肽鏈的不同部位.有的基團(tuán)在與底物結(jié)合時(shí)起結(jié)合基團(tuán)(binding group)的作用,有的在催化反應(yīng)中起催化基團(tuán)(catalytic group)的作用.但有的基團(tuán)既在結(jié)合中起作用,又在催化中起作用,所以常將活性部位的功能基團(tuán)統(tǒng)稱為必需基團(tuán)(essential group).它們通過多肽鏈的盤曲折疊,組成一個(gè)在酶分子表面、具有三維空間結(jié)構(gòu)的孔穴或裂隙,以容納進(jìn)入的底物與之結(jié)合（圖4-1）并催化底物轉(zhuǎn)變?yōu)楫a(chǎn)物,這個(gè)區(qū)域即稱為酶的活性中心.
而酶活性中心以外的功能集團(tuán)則在形成并維持酶的空間構(gòu)象上也是必需的,故稱為活性中心以外的必需基團(tuán).對需要輔助因子的酶來說,輔助因子也是活性中心的組成部分.酶催化反應(yīng)的特異性實(shí)際上決定于酶活性中心的結(jié)合基團(tuán)、催化基團(tuán)及其空間結(jié)構(gòu).