1506年哥白尼從意大利歸國時,就親眼看到宗教裁判官對胡斯分子的血腥鎮(zhèn)壓,許多密謀聚會的人都被抓起來活活燒死.在哥白尼的一生里,波蘭國境內(nèi)至少進行過300次以上的宗教裁判活動.哥白尼也經(jīng)常受到威脅和迫害,在他擔(dān)任弗隆堡大教堂修士的瓦爾米亞教區(qū),他舅父務(wù)卡施大主教死后,幾個繼任的大主教都三令五申地“查禁邪教”并對修士們嚴加監(jiān)視.他們認為哥白尼是個“叛教者”,直到他臨終時,身邊還有上司所布置的密探和奸細.
主使迫害哥白尼的,是波茲南宗教裁判官堆霍茲烏施,他是一個焚書的狂徒,后來升任波蘭大主教.他連哥白尼的親戚朋友都看成眼中釘,恣意迫害,其中包括修士亞歷山大·斯古爾捷特和女管家安娜.
斯古爾捷特雖是個修士,卻信奉無神論,自己不做圣功,別人做圣功他還嘲笑.他對哥白尼十分欽佩,兩人很快就成為知己.這就引起霍茲烏施和新任主教揚·丹提謝克的猜忌.丹提謝克是個很陰險的家伙,他看出如果《運行》出版,他所維護的神學(xué)殿堂就會土崩瓦解.于是,丹提謝克開始向哥白尼步步進逼.他首先要哥白尼和斯古爾捷特斷絕往來遭到哥白尼的嚴詞拒絕.斯古爾捷特后來遭到羅馬教廷拘捕.
不久,丹提謝克又根據(jù)弗隆堡教長的告密,強迫哥白尼和安娜脫離關(guān)系.哥白尼和安娜同居已近十年,感情很深.哥白尼向丹提謝克這個無理的要求提出抗議,但丹提謝克胡說安娜已使哥白尼“失魂落魄”,為了他的“靈魂得救”,他勒令安娜立即遷出弗隆堡.哥白尼在悲憤之下,幾次要扯下身上的僧袍,揚言要還俗.為了使哥白尼的寫作工作能繼續(xù)下去,安娜忍痛離開了箭樓.不久,她又被驅(qū)逐出境.
這一期間,羅馬教廷對哥白尼的學(xué)說也很感驚慌.1533年,教皇克雷蒙七世曾叫人闡述“太陽中心學(xué)說”的基本原理.哥白尼學(xué)說的革命內(nèi)容使教皇大為震驚,他決定想辦法把哥白尼的手稿控制起來.1536年,一個紅衣主教寫信向哥白尼索取手稿,哥白尼拒絕了.