設購買甲種小雞苗x只，那么乙種小雞苗為（2000-x）只．
（1）根據(jù)題意列方程，得2x+3（2000-x）=4500，
解這個方程得：x=1500，
2000-x=2000-1500=500，
即：購買甲種小雞苗1500只，乙種小雞苗500只；
（2）根據(jù)題意得：2x+3（2000-x）≤4700，
解得：x≥1300，
即：選購甲種小雞苗至少為1300只；
（3）設購買這批小雞苗總費用為y元，
根據(jù)題意得：y=2x+3（2000-x）=-x+6000，
又由題意得：94%x+99%（2000-x）≥2000×96%，
解得：x≤1200，
因為購買這批小雞苗的總費用y隨x增大而減小，所以當x=1200時，總費用y最小，乙種小雞為：2000-1200=800（只），
即：購買甲種小雞苗為1200只，乙種小雞苗為800只時，總費用y最小，最小為4800元．