基因工程制藥：宿主細胞通過表達外源基因生產(chǎn)的藥物；動物細胞工程制藥：通過培養(yǎng)動物細胞生產(chǎn)的藥物,這個藥物通常是個基因工程藥物；植物工程制藥：通過培養(yǎng)植物細胞生產(chǎn)的藥物,這個藥物通常由植物細胞自身攜帶基因編碼,因此不是基因工程藥物；發(fā)酵工程制藥：是指培養(yǎng)微生物細胞獲得的藥物,若藥物由微生物自身基因編碼,那就是傳統(tǒng)生化藥物,例如抗生素,這個藥物也可能外源基因編碼,那就是基因工程藥物,如胰島素、干擾素、基因工程疫苗等；酶工程制藥,通過酶轉(zhuǎn)化底物生產(chǎn)的藥物,這類藥物最常見的就是甾體激素類藥物.
這些概念是相互交叉的,相互之間并不是獨立的.