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  • 做ISSR 的PCR條件優(yōu)化

    做ISSR 的PCR條件優(yōu)化
    我想根據(jù)這幾個(gè)做個(gè)正交試驗(yàn) 模板濃度,dNTP,引物濃度,taq酶,Mg離子濃度
    是不是太多了……?
    退火溫度我用梯度PCR基本弄好了,總體積25μl,模板1μl,引物1μl,其它用的是mix跑的,
    我想問(wèn)下上面各條件大概范圍,比如模板濃度在0.5μl-3μl之間,其它的呢?
    另外我還想問(wèn)下ISSR一般條帶是多少?我看有的說(shuō)平均條帶在10多條左右,我試過(guò)13條引物了最多的才12條帶左右
    多1°C熱愛(ài)
    你說(shuō)的引物濃度這么低啊?0.2μM/L
    生物人氣:994 ℃時(shí)間:2020-02-06 12:25:16
    優(yōu)質(zhì)解答
    我把我本科 的實(shí)驗(yàn)體系給你,你參考下.
    (1) 最佳DNA模板量
    在PCR擴(kuò)增系統(tǒng)中DNA模板的純度和數(shù)量都會(huì)對(duì)結(jié)果產(chǎn)生影響.模板DNA抽提純化不徹底殘留苯酚,乙醇等物質(zhì)將無(wú)法準(zhǔn)確的擴(kuò)增出預(yù)期結(jié)果;模板DNA用量過(guò)低會(huì)使擴(kuò)增過(guò)程不完整,出現(xiàn)產(chǎn)物少,條帶弱的結(jié)果;模板DNA用量過(guò)高又會(huì)出現(xiàn)非特異條帶增多,背景彌散狀[106].本實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明模板量在20ng-100ng間條帶都比較清晰,差異不大.從節(jié)約最優(yōu)原則考慮選擇20ng模板量(圖3-9-a).
    (2)最佳Mg2+濃度
    Mg2+濃度為2.0mmol/L時(shí),所擴(kuò)增的條帶數(shù)最多,而且比較清晰,綜合考慮本實(shí)驗(yàn)最佳Mg2+濃度定位2.0mmol/L.
    (3) 最佳Taq酶濃度
    在25µl的反應(yīng)體系中2UTaq酶用量最優(yōu).條帶清晰,且數(shù)目較多.
    (4) 最佳dNTP濃度
    本實(shí)驗(yàn)設(shè)定的5個(gè)dNTP梯度擴(kuò)增結(jié)果看200μmol/L時(shí)條帶最清晰選為最佳濃度(圖3-9-d).
    (5) 最佳引物濃度
    本實(shí)驗(yàn)引物濃度選取0.2μmol/L(圖3-9-e).
    (6) 最佳退火溫度
    本實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)反應(yīng)體系退火溫度為52℃時(shí),
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