#!usr/bin/perl -w
use strict;
use 5.010;
#打開DNA序列文件句柄
open FILE,"contig"
my %hash;
#讀入序列
my $DNA = ;
#按照"N"來拆分序列,并且剔除"N"
my @list = split(/N/,$DNA);
#總長度
my $whole_len = 0;
#最長和最短
my $max = rindex $list[0]."\$","\$";;
my $min = rindex $list[0]."\$","\$";;
foreach(@list){
#取得長度
my $len = rindex $_."\$","\$";
if($max < $len){
$max = $len;
}
if($min > $len){
$min = $len;
}
# 長度=>contig
$hash{$len} = $_;
$whole_len += $len;
}
#輸出最長contig的堿基數(shù)和最短contig的堿基數(shù)
say "最長contig的堿基數(shù)：$max\n";
say "最短contig的堿基數(shù)：$min\n";
#求 N50 和 N90
my $links;
my $temp_len;
foreach my $key(reverse sort keys %hash){
$links .= $hash{$key};
$temp_len += $key;
if($temp_len > $whole_len/2){
say "N50是 ：$links\n";
}
elsif($temp_len > $whole_len*9/10){
say "N90是 ：$links\n";
}
}
#求（G+C）/（A+T+G+C)的比例
my @list_all = split(//,$DNA);
my ($num_A,$num_T,$num_G,$num_C);
foreach(@list_all){
if($_ eq "A"){
$num_A++;
}
if($_ eq "T"){
$num_T++;
}
if($_ eq "G"){
$num_G++;
}
if($_ eq "C"){
$num_C++;
}
}
my $a = ($num_G+$num_C)/($num_A+$num_T+$num_G+$num_C);
say "（G+C）/（A+T+G+C) = $a";
算法已經(jīng)測試過了,沒啥問題.你需要把DNA序列存在 DNA.txt里面就可以了.然后我只是想幫幫你而已,分?jǐn)?shù)又不能吃飯.