宋神宗元豐五年(1082),（司馬光）忽然得了說話艱難的疾病,他懷疑自己即將死去,預先寫了遺表（臨死前留給皇帝的奏章）,放在臥室內(nèi),準備一旦病情危急（緩急,偏意復詞,偏指“急”,“緩”無意）,就要把它交給認為可靠的人呈奏給皇帝.新官制實行（神宗元豐五年行新官制）,皇帝指定御史大夫官職說：“這非司馬光擔任不可.”又打算以司馬光為東宮太子師傅.蔡確說：“國家大計剛確定,希望稍微延遲一些時候決定.”《資治通鑒》還沒有完成,皇帝特別重視此事,認為此書勝過荀悅的《漢紀》,屢次催促司馬光,讓他把書寫完,并賜給他原穎王府邸（神宗曾于治平元年[1064]封為潁王,穎邸為其治平四年即帝位之前所居府?。┲械臅陌倬?待到《資治通鑒》撰寫完成,加封司馬光為資政殿學士.他在洛陽共計居住十五年,天下人認為他是真正的宰相,農(nóng)夫和村野老人稱他為司馬相公,婦女兒童也知道他是司馬君實（君實,司馬光的字）.
神宗皇帝逝世（1085年）,司馬光到宮中臨喪哭吊,衛(wèi)士們望見他,都以手加額表示敬意,說：“這是司馬相公啊.”他所到之處,百姓攔路圍觀,騎的馬甚至無法走過去.百姓們說：“您不要回洛陽,留下來做天子宰相,讓百姓有活路.”（哲宗）皇帝又任命他為尚書左仆射兼門下侍郎,免除他上朝覲見皇帝,準許乘坐轎子,三天一入官署辦公.司馬光不敢承當這些優(yōu)待,說：“不見皇帝,無法辦理公事.”皇帝下詔命令其子司馬康扶著他進殿回答所問,并且說：“無需跪拜.”于是廢止了青苗錢（王安石所行的青苗法）,恢復以常平倉出售和收購糧食,以調(diào)節(jié)米價的的辦法.（常平,古代一種調(diào)節(jié)米價的方法.筑倉儲谷,谷賤時增價而糴,谷貴時減價而糶.）哲宗皇帝和垂簾聽政的高太后都虛心聽取司馬光的意見.遼國、西夏使節(jié)到來,必定問候司馬光的飲食起居.（遼國、西夏的國君）命令各自的邊境官吏說：“中國以司馬光為宰相了,不要輕易滋生事端,挑起邊境沖突.”司馬光看到皇帝和太后對自己言聽計從,不惜為國家獻出自己生命,于是親自處理各種政務,晝夜不停.賓客們見他身體瘦弱,舉諸葛亮飲食很少而事務繁多（積勞而逝）的往事,想以此作為司馬光的鑒戒,司馬光曰：“死生,是命中注定的.”為國事更加不遺余力.病重后,頭腦不再清醒,言語昏亂如說夢話（諄諄在此處指遲鈍昏亂的樣子,不是反覆教導、諄諄告誡之意）,然而說的都是朝廷、天下的事.
此年九月司馬光逝世,終年六十八歲.司馬光對于一切東西都看得很淡,一無所好,但是對于學問無所不通,只是不喜歡佛家、道家學說；他說：“他們所說的精深微妙的言辭超不出我所讀的儒家經(jīng)典,他們說的荒誕不經(jīng)的內(nèi)容我又不相信.”他家在洛陽有三頃田地,妻子去世時,賣了田地用以安葬,終其一生衣食都很粗劣簡陋.