嘉靖皇帝讀了海瑞上疏,十分憤怒,把上疏扔在地上,對左右說：“快把他逮起來,不要讓他跑掉.”宦官黃錦在旁邊說：“這個人向來有傻名.聽說他上疏時,自己知道冒犯該死,買了一個棺材,和妻子訣別,在朝廷聽候治罪,奴仆們也四處奔散沒有留下來的,是不會逃跑的.”皇帝聽了默默無言.過了一會又讀海瑞上疏,一天里反復(fù)讀了多次,為上疏感到嘆息,只得把上疏留在宮中數(shù)月.曾說：“這個人可和比干相比,但朕不是商紂王.”正遇上皇帝有病,心情悶郁不高興,召來閣臣徐階議論禪讓帝位給皇太子的事,便說：“海瑞所說的都對.朕現(xiàn)在病了很長時間,怎能臨朝聽政.”又說：“朕確實不自謹(jǐn),導(dǎo)致現(xiàn)在身體多病.如果朕能夠在便殿議政,豈能遭受這個人的責(zé)備辱罵呢?”遂逮捕海瑞關(guān)進詔獄,追究主使的人.不久移交給刑部,判處死刑.獄詞送上后,仍然留在宮中不發(fā)布.戶部有個司務(wù)叫何以尚的,揣摩皇帝沒有殺死海瑞的心意,上疏陳請將海瑞釋放.皇帝大怒,命錦衣衛(wèi)杖責(zé)一百,關(guān)進詔獄,晝夜用刑審問.過了兩個月,嘉靖皇帝死,明穆宗繼位,海瑞和何以尚都被釋放出獄.