用元素符號(hào)和短線表示化合物(或單質(zhì))分子中原子的排列和結(jié)合方式的式子.
如甲烷的分子結(jié)構(gòu)式可以表示為：
H H
╲ ╱
C
╱ ╲
HH
結(jié)構(gòu)式用—、＝、≡分別表示1、2、3對(duì)共用電子；用→表示1對(duì)配位電子,箭頭符號(hào)左方是提供孤對(duì)電子的一方,右方是具有空軌道、接受電子的一方.
結(jié)構(gòu)式可以在一定程度上反映真正的分子結(jié)構(gòu)和性質(zhì),但不能表示空間構(gòu)型,如甲烷分子是正四面體,而結(jié)構(gòu)式所示的碳原子和四個(gè)氫原子卻都在同一平面上.
確定一個(gè)化合物的結(jié)構(gòu)是一件相當(dāng)艱巨而有意義的工作．測(cè)定有機(jī)化合物的方法有化學(xué)方法和物理方法．化學(xué)方法是把分子打成“碎片”,然后再?gòu)乃鼈兊慕Y(jié)構(gòu)去推測(cè)原來分子是如何由“碎片”拼湊起來的．這是人類用宏觀的手段以窺測(cè)微觀的分子世界．50年代前只用化學(xué)方法確定結(jié)構(gòu)確實(shí)是較困難的．例如,很出名的麻醉藥東莨菪堿,是由植物曼陀丹中分離出來的一種生物堿,早在1892年就分離得到,并且確定其分子式為C17H21O4N．但它的結(jié)構(gòu)式直到1951年才肯定下來．按照現(xiàn)在水平來看,這個(gè)結(jié)構(gòu)并不太復(fù)雜．近年來,應(yīng)用現(xiàn)代物理方法如X衍射、各種光譜法、核磁共振譜和質(zhì)譜等,能夠準(zhǔn)確、迅速地確定有機(jī)化合物的結(jié)構(gòu),大大豐富了鑒定有機(jī)化合物的手段,明顯地提高了確定結(jié)構(gòu)的水平．
分子結(jié)構(gòu)包括了分子的構(gòu)造、構(gòu)型和構(gòu)象．構(gòu)造是分子中原子成鍵的順序和鍵性．以前叫做結(jié)構(gòu),根據(jù)國(guó)際純粹和應(yīng)用化學(xué)聯(lián)合會(huì)的建議改為“構(gòu)造”．表示化合物的化學(xué)式叫做構(gòu)造式．
由于有機(jī)化合物中存在著同分異構(gòu)現(xiàn)象,因此一個(gè)分子式可能代表兩種或兩種以上具有不同結(jié)構(gòu)的物質(zhì)．在這種情況下,知道了某一物質(zhì)的分子式,常?？衫迷撐镔|(zhì)的特殊性質(zhì),通過定性或定量實(shí)驗(yàn)來確定其結(jié)構(gòu)式．
結(jié)構(gòu)式不同而化學(xué)式相同不一定是同一種物質(zhì),其性質(zhì)也往往不一樣嗎.比如各種有機(jī)物的同分異構(gòu)體,化學(xué)式相同,但是結(jié)構(gòu)式不一樣,就顯示出性質(zhì)的差異.更不必說相同化學(xué)式的不同類物質(zhì),比如二甲醚和乙醇的分子式均為C2H6O,但其結(jié)構(gòu)不同.