工業(yè)生產(chǎn)上常用的微生物有細(xì)菌、放線菌、酵母菌和霉菌,由于發(fā)酵工程本身的發(fā)展以及遺傳工程的介入,藻類、病毒等也正在逐步成為工業(yè)生產(chǎn)的微生物.
1．細(xì)菌 工業(yè)生產(chǎn)中常用的細(xì)菌有：枯草芽孢桿菌、乳酸桿菌、醋酸桿菌、棒狀桿菌、短桿菌、節(jié)桿菌、假單胞菌、小球菌等,用于生產(chǎn)乳酸、醋酸、氨基酸、核苷酸、淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、維生素、肌苷酸、丙酮丁醇等產(chǎn)品以及生物防治、細(xì)菌浸礦等.
2．放線菌 它的最大經(jīng)濟價值在于能產(chǎn)生多種抗生素.從微生物中發(fā)現(xiàn)的抗生素,有60%以上是放線菌產(chǎn)生的,如鏈霉素、金霉素、紅霉素、慶大霉素等.常用的放線菌主要來自以下幾個屬：鏈霉菌屬、小單孢菌屬和諾卡氏菌屬等.近年來也用放線菌生產(chǎn)氨基酸、核苷酸、維生素和酶制劑等.
3．酵母菌 工業(yè)上常用的酵母菌有：啤酒酵母、假絲酵母、類酵母等,用于釀酒、制造面包、制造低凝固點石油、生產(chǎn)酒精、脂肪酶,以及生產(chǎn)可食用、藥用和飼用的酵母菌體蛋白等.
4． 霉菌 工業(yè)上常用的霉菌有：藻狀菌綱的根霉、毛霉、犁頭霉、子囊菌綱的紅曲霉,半知菌類的曲霉、木霉、青霉等；它們可用于生產(chǎn)多種酶制劑、抗生素、有機酸、生長素及甾體激素等.