新一代（第二代）測序技術(shù)的測序原理是“邊合成邊測序”.
先把基因組打斷成100kb左右的小片段,每個(gè)片段單獨(dú)測序,測完以后依靠大型計(jì)算機(jī)進(jìn)行拼接,所以新一代測序儀測序簡單,難在拼接.
測序時(shí),以待測DNA片段為模板,進(jìn)行互補(bǔ)鏈的合成,每延伸一個(gè)堿基就進(jìn)行一次激光掃描,讀出是哪種堿基（四種堿基事先進(jìn)行不同標(biāo)記,在激光下呈現(xiàn)不同顏色）,很方便地就完成了測序.
高通量體現(xiàn)在一次上機(jī)能測的樣本數(shù),第一代測序儀一次上機(jī)僅能測96個(gè)樣本,第二代測序儀一次上機(jī)能測數(shù)萬個(gè)樣本.
操作簡單體現(xiàn)在機(jī)器自動化.
新一代測序的意義,是實(shí)現(xiàn)了高通量、低成本、快速、操作簡便,為開展大規(guī)模物種測序及人類基因組研究提供了可能.難怎樣準(zhǔn)確的拼接？樣本量不太大（<15）的時(shí)候跟一代測序優(yōu)缺點(diǎn)在哪？難以拼接是因?yàn)闃颖敬驍嗟锰×?。像人類基因組大小是3G，打斷成100kb，相當(dāng)于是打成了3萬個(gè)片段，用3萬個(gè)片段去拼出一個(gè)完整的人類基因組，計(jì)算量及復(fù)雜程度可想而知。樣本量很小的時(shí)候二代測序沒有任何優(yōu)勢，反而會成本很高。二代測序的最突出優(yōu)勢就是高通量，只有很多樣本批量上機(jī)時(shí)，成本才能降下來。一代測序就顯得很靈活，樣本量多少不會牽涉到成本。