溴化乙錠是一種高度靈敏的熒光染色劑,用于觀察瓊脂糖（agarose）和聚丙烯酰胺凝膠中的DNA.溴化乙錠用標準302nm 紫外光透射儀激發(fā)并放射出橙紅色信號,可用Polaroid 底片或帶CCD成像頭的凝膠成像處理系統(tǒng)拍攝.
　　觀察瓊脂糖凝膠中DNA最常用的方法是利用熒光染料溴化乙錠進行染色,溴化乙錠含有一個可以嵌入DNA堆積堿基之間的一個三環(huán)平面基團.它與DNA的結合幾乎沒有堿基序列特異性.在高離子強度的飽和溶液中,大約每2.5個堿基插入一個溴化乙錠分子.當染料分子插入后,其平面基團與螺旋的軸線垂直并通過范德華力與上下堿基相互作用.這個基團的固定位置及其與堿基的密切接近,導致與DNA結合的染料呈現熒光,其熒光產率比游離溶液中染料有所增加.DNA吸收254nm處的紫外輻射并傳遞給染料,而被結合的染料本身吸收302nm和366nm的光輻射.這兩種情況下,被吸收的能量在可見光譜紅橙區(qū)的590nm處重新發(fā)射出來.由于溴化乙錠-DNA復合物的熒光產率比沒有結合DNA的染料高出20-30倍,所以當凝膠中含有游離的溴化乙錠（0.5ug/ml）時,可以檢測到少至10ng的DNA條帶.
　　溴化乙錠可以用來檢測單鏈或雙鏈核酸（DNA或RNA）.但是染料對單鏈核酸的親和力相對較小,所以其熒光產率也相對較低.事實上,大多數對單鏈DNA或RNA染色的熒光時通過染料結合到分子內形成較短的鏈內螺旋產生的.
　　盡管在該染料存在的情況下,線狀DNA的電泳遷移率約降低15%,因此,當需要知道DNA片段的準確大?。ㄈ鏒NA限制酶酶切圖譜的鑒定）,凝膠應該在無EB情況下電泳,電泳結束后用EB染色.染色完畢后,通常不需要脫色.但是在檢測小量DNA（小于10ng）片段時,通常要將染色后的凝膠進行脫色